Comisionados

El término “período de misión” o “secondment period” se refiere al lapso en el que un miembro de alguna de las instituciones de la red permanece en una organización hospedadora, con el propósito de cumplir los objetivos del proyecto. Un comisionado o “secondee” es el miembro de alguna de las instituciones de la red que es albergado en la institución hospedadora.

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Debido a la prohibición de traslados durante la actual pandemia de COVID-19, todas las misiones de MAD han sido postergadas. Según las políticas y las circunstancias vayan cambiando, esperamos poder iniciar los intercambios internacionales hacia el final de 2021.

2024

Dr. Domenico Loperfido

Universidad de Milano, Italia

CERZOS (Bahia Blanca, Argentina) del 11 de marzo 2024 al 8 de junio 2024

Dr. Diego Zappacosta

CERZOS, Bahia Blanca, Argentina

Universidad de Milano (Italia) del 5 de marzo 2024 al 5 de mayo 2024

El objetivo principal de esta comisión de servico es continuar con la caracterización de una población segregante para la apomixis en Eragrostis curvula con el fin de generar un mapa de ligamiento y seleccionar individuos con marcadores moleculares similares pero diferentes modo reproductivo (apomíctica y sexual) para futuros análisis transcriptómicos. Durante estos dos meses, en colaboración con el grupo UNIPG, se plantea continuar el análisis de los datos fenotípicos y genoticos de una población de mapeo de E. curvula para genenerar un nuevo mapa consenso e identificar marcadores moleculares relacionados con la apomeiosis y, en última instancia, descubrir genes que podrían desempeñar un papel en el control de la reproducción apomíctica. Además, también contribuiré a la elaboración de un calendario destinado a asociar parámetros morfológicos florales con las fases de desarrollo de la megasporogénesis y la megagametogénesis para diferentes genotipos apomícticos y sexuales en E. curvula (Tarea 3.3).

Lucia Giordano, doctorante

Universidad de Perugia, Italia

Universidad de Adelaide (Australia), del 18 de enero 2024 al 2 de junio 2024

2023

Samela Draga, estudiante de doctorado

Universidad de Padova, Italia

IICAR (Rosario, Argentina), del 3 de noviembre 2023 al 19 de enero 2024

El objetivo general de la visita de Samela Draga al laboratorio del Prof. Pessino del 3 de noviembre de 2023 al 18 de enero de 2024 es continuar el proyecto iniciado en marzo-julio de 2023 en el IICAR-CONICET-UNR, cuyo objetivo es comprender el papel del factor de splicing BUD13 (un interactor de TGS1) en plantas apomícticas y sexuales de Paspalum. BUD13 se expresa de forma diferencial en las flores de plantas sexuales y apomícticas en al menos dos especies apospóricas, Paspalum notatum e Hypericum perforatum. Curiosamente, los mutantes de bud13 en Arabidopsis están asociados a defectos en el desarrollo embrionario temprano. Durante su visita, Samela producirá una sonda BUD13 marcada con digoxigenina, preparará secciones de ovarios embebidos en bloques de parafina y realizará análisis ISH. Las observaciones permitirán determinar los perfiles de expresión espacial de BUD13 en los órganos reproductores de los genotipos sexual y apomíctico de Paspalum notatum.

Dr. Giovanni Gabelli

Universidad de Padova, Italia

IICAR (Rosario, Argentina), del 15 de noviembre 2023 al 15 de diciembre 2023

Dr. Fulvio Pupilli

IBBR, Perugia, Italia

IICAR (Argentina), del 8 de noviembre 2023 al 9 de dicembre 2023

Durante su primera comisión de servicio en Rosario, del 9 de noviembre al 14 de diciembre de 2023, Fulvio Pupilli discutió con Juan Pablo Ortiz, su equipo y Olivier Leblanc los recientes avances en secuenciación Nanopore y el ensamblaje de genomas apomícticos y sexuales en Paspalum simplex. Además, se discutieron con JP Ortiz los progresos realizados en la caracterización del gen PsARF5, que se expresa de forma diferencial entre los tejidos nucelares disecados por LCM de genotipos apomícticos y sexuales, así como las posibles interacciones con PnIAA30, un gen que actualmente se está caracterizando funcionalmente en el IICAR. Para la próxima comisión de servicio se ha programado una serie de experimentos de hibridación in situ para PsARF5. Por último, ha preparado una presentación sobre el papel del gen PsORC3 en el desarrollo del albumen con exceso genómico materno en P. simplex y un homenaje al profesor Camilo Luis Quarin para el IV congreso Apomixis, que se celebrará del 3 al 7 de diciembre de 2023 en Rosario, Argentina.

Giacomo Bongiorno, estudiante de doctorado

Universidad de Perugia, Italia

CERZOS (Bahia Blanca, Argentina), del 18 de mayo 2023 al 9 de dicembre 2023

Durante esta comisión de servicio en CERZOS, me centré principalmente en la gramínea diplospórica Eragrostis curvula con el objetivo de construir un pangenoma completo. El uso del cultivar Victoria como genoma de referencia proporcionó una base sólida para estudiar la variación genómica, las relaciones filogenéticas y el impacto de la ploidía en la evolución del genoma y los patrones de reproducción. Este estudio pangenómico supone una contribución significativa a nuestra comprensión de la diversidad genómica de E. curvula, como recurso de interés para investigaciones específicas sobre los mecanismos moleculares que rigen sus modos reproductivos y sus relaciones con la ploidía.

Foto (de izquierda a derecha) : Juan Pablo Selva, Diego Zappacosta, Juan Manuel Rodrigo, Nengi Lawson, Viviana Echenique, Alejandra Diaz & Giacomo Bongiorno

Dr. Daphné Autran

IRD, Montpellier, France

IICAR (Argentina), del 22 de octubre 2023 al 17 de diciembre 2023

Durante esta comisión de servicio, seguimos trabajando en Paspalum rufum con Luciana Delgado.  Para comprender las interrelaciones entre la arquitectura del primordio del óvulo y la plasticidad del destino celular que conduce a la aposporía, estamos realizando un análisis morfométrico celular en 3D de genotipos de P. rufum que muestran una expresividad diferencial de la aposporía. El primer paso es construir un atlas 3D de referencia del genotipo sexual. Tras el trabajo de segmentación, etiquetado y exportación de datos realizado en las sesiones anteriores mediante el software MorphographX (MGX), nos dispusimos a realizar un análisis cuantitativo en un grupo piloto de 11 óvulos en estadios sucesivos que cubrían la ventana de desarrollo de interés. Además de la cuantificación del número y tamaño de las células, se seleccionaron diferentes descriptores de forma, tanto a nivel celular como de órgano, y se calcularon a partir de las características extraídas por MGX. Dado que los datos piloto ya abarcan miles de células para analizar, se escribieron scripts personalizados en R para gestionar la compilación de datos, la visualización y el análisis estadístico. Además, se diseccionaron, fijaron y limpiaron óvulos de P.rufum en torno a la fase de meiosis, para ampliar la ventana de desarrollo cubierta y maximizar la probabilidad de detección de crecimiento celular diferencial entre genotipos sexuales y apospóricos.

Paspalum rufum, Luciana Delgado & Daphné Autran

Dr. Olivier Leblanc

IRD, Montpellier, France

IICAR (Argentina), del 15 de octubre 2023 al 13 de diciembre 2023

Esta segunda visita al IICAR forma parte de una comisión de servicio dedicada a la genómica de la apomixis (WP3) y a la caracterización funcional de los genes candidatos de Paspalum para la apomixis utilizando mutantes de Arabidopsis (WP4). En cuanto a los enfoques genómicos, el primer objetivo es finalizar la redacción de un primer artículo que informara del ensamblaje y la anotación detallada de un genoma diploide de referencia de P. notatum. Además, centraremos nuestros análisis en la comprensión de las variaciones entre los genomas de las plantas diploides sexuales y las plantas tetraploides apomícticas utilizando enfoques de genómica comparativa y k-mers. En cuanto a la caracterización funcional de los mutantes de Arabidopsis, se analizarán los efectos de las mutaciones de tgs1 en el corte y empalme del ARN mediante análisis transcripcionales comparativos y herramientas citológicas (reporteros fluorescentes en desarollo). También estoy organizando el segundo taller ONT MAD sobre secuenciación y bioinformática (Rosario, 20-25 de noviembre) y miembro del comite organizador de la conferencia Apomixis2023 (Rosario, 3-7 de diciembre).

Imagen: visitando a viejos conocidos en Cayasta (Santa Fe, Argentina), cuna de la familia Paspalum. de izquierda a derecha: O Leblanc, JPA Ortiz, & L Siena

Davide Perrone

Universidad de Milán, Italia

IICAR (Argentina), del 12 de septiembre 2023 al 13 de diciembre 2023

Davide Perrone está visitando el IICAR-CONICET para continuar los experimentos iniciados durante una comisión de servicio anterior, relativos a la transformación de plantas apomícticas y sexuales de Paspalum notatum con reporteros fluorescentes de auxina y citoquinina. El objetivo de estos experimentos es comparar la distribución de hormonas en los óvulos de plantas sexuales y apomícticas. Además, Davide iniciará experimentos de hibridación in situ destinados a comparar la expresión del gen AUXIN RESPONSE FACTOR 10 (ARF10) en los óvulos de los biotipos de biotipos sexuales y apomícticos de Paspalum notatum. Por último, en colaboración con científicos del IICAR, llevará a cabo análisis miR-seq utilizando datos generados previamente en Milán.

Foto (de izquierda a derecha): Augustus Villalba (IBONE), Silvina Pessino (IICAR), Maricel Podio (IICAR) & Davide Perrone (Univ. Milán)

Dr. Cristian Gallo

Bahia Blanca, Argentina, CERZOS

Universidad de Perugia (Italia), del 1 de septiembre 2023 al 30 de octubre 2023

Dra. Francesca De Marchis

Perugia, Italia, CNR-IBBR

IICAR (Argentina), del 8 de agosto 2023 al 12 de septiembre 2023

Francesca De Marchis es investigadora del Consejo Nacional de Investigación, CNR- IBBR – Perugia. Durante su visita,  trabajará con el Dr. Juan Pablo A. Ortiz del IICAR – CONICET (Rosario, Argentina) y su experiencia en biotecnología vegetal será aprovechada para diseñar un vector para la transformación de Paspalum notatum. Algunos genes candidatos para la partenogénesis, identificados por el grupo de investigación del IICAR, serán considerados para la transformación de plantas mediante tecnología biolística eligiendo la sobreexpresión o la represión.

Dra. Alejendra Díaz

Bahia Blanca, Argentina, CERZOS

NIAB (Reino Unido), del 1 de agosto 2023 al 2 de octubre 2023

Nuestro grupo de investigación CERZOS lleva varios años colaborando con el grupo del Dr. Caccamo en el NIAB para identificar y caracterizar una región genómica implicada en la apomixis en Eragrostis curvula (Schrad.) Nees, así como sus genes. Algunos de estos genes, previamente identificados por nuestro grupo de investigación como implicados en la apomixis y para los que no se dispone de anotación en otras especies, están siendo actualmente caracterizados funcionalmente. La expresión de estos candidatos bajo promotores constitutivos en la planta modelo, el arroz, es una de las vias utilizadas para caracterizarlos. El objetivo de esta comisión de servicio en el NIAB era avanzar en la caracterización de uno de nuestros genes candidatos, principalmente para determinar si su sobreexpresión induce defectos en el desarrollo del saco embrionario. Para ello, participé en el cribado de tejidos reproductivos de espiguillas de líneas de arroz transgénico independientes generadas en el NIAB y que sobreexpresaban el gen de interés (WP4). Utilizamos microscopía de contraste de interferencia diferencial (DIC) para observar tejidos reproductivos aclarados con una solución de salicilato de metilo, ya que esta técnica permite realizar observaciones a gran escala de la meiosis y el desarrollo del saco embrionario en ovulos intactos. La colaboración entre el NIAB y CERZOS nos permitirá caracterizar más rápidamente los genes candidatos a la apomixis identificados en Eragrostis.

Dra. Viviana Echenique

Bahia Blanca, Argentina, CERZOS

NIAB (Reino Unido), del 1 de agosto 2023 al 2 de octubre 2023

El objetivo de mi comisión de servicio en el NIAB era continuar con el trabajo iniciado con el grupo del Dr. Caccamo relacionado con la identificación y caracterización de una región genómica y de genes implicados en la apomixis. Aquí discutimos estrategias y diseñamos nuevos experimentos. El trabajo en curso consiste en la secuenciación y ensamblaje del genoma del cultivar apomíctico Don Walter (Eragrostis curvula). Este genoma fue secuenciado en el NIAB usando la plataforma Oxford nanopore con el protocolo de modelo de planta de super-alta precisión y uno de los estudiantes del CERZOS está trabajando aquí haciendo el ensamblaje. También estamos involucrados en un proyecto de transcriptómica utilizando datos de RNA-seq obtenidos de tejidos de pistilo de plantas apomícticas y sexuales en tres etapas de desarrollo diferentes. Estamos buscando genes expresados diferencialmente entre plantas con diferentes modos reproductivos y diferentes estados de desarrollo.

Foto: Viviana en The Eagle, Cambridge (Inglaterra)

Sol Vega, estudiante de doctorado

Rosario, Argentina, IICAR

IRD (Francia), del 20 de julio 2023 al 20 de septiembre 2023

En esta comisión de servicio María Sol visita el IRD para continuar con la caracterización funcional del gen IAA16 en Arabidopsis thaliana, cuyo ortólogo (IAA30) se ha asociado con la apomixis en Paspalum notatum. Las actividades se llevarán a cabo en el laboratorio del Dr. Olivier Leblanc e incluirán la selección de plantas dobles homocigóticas derivadas de cruzas entre la mutante iaa16 y; una línea portadora del reportero gametofítico pWOX2-CENH3-GFP; plantas tgs1 (relacionadas con alteraciones en el desarrollo gametofítico) y; plantas topless (implicadas en la respuesta a la auxina durante la embriogénesis). Los análisis fenotípicos del desarrollo reproductivo del material obtenido se llevarán a cabo mediante microscopía de fluorescencia o DIC durante la visita al IRD y posteriormente en el IICAR. Además, se iniciará el estudio de mutantes para otros genes del clado IAA16 (iaa14 y iaa17) así como para una nueva inserción del gen IAA16.

Dra. Lorena Siena

Rosario, Argentina, IICAR

IRD (Francia), del 22 de junio al 16 de septiembre 2023

En un nuevo secondment, Lorena Siena, del IICAR, está visitando el IRD por tres meses. El objetivo de la visita es avanzar en la caracterización funcional de los genes TGS1 y QGJ durante el desarrollo reproductivo de Arabidopsis thaliana. Las actividades se llevarán a cabo en colaboración con el grupo del IRD y, en primer lugar, incluyen el análisis del potencial de embriones partenogenéticos en líneas mutantes tgs1 mediante el uso de reporteros fluorescentes específicos de embrión transmitidos maternal y paternalmente. Además, se caracterizará ampliamente la identidad celular de las megasporas adicionales y funcionales observadas en los óvulos qgj, por ejemplo utilizando el reportero pWOX2-CENH3-GFP. Por otra parte, iniciaremos experimentos destinados a identificar posibles interacciones entre QGJ y TGS1 determinando el patrón de expresión de QGJ (pQGJ-GUS) en óvulos tgs1 y, recíprocamente, el de TGS1 (pTGS1:TGS1-GUS) en óvulos qgj.

Imagen: Aquaducto de Montpellier (@ Lorena Siena, IICAR)

Dr. Jose Carballo

Bahia Blanca, Argentina, CERZOS

NIAB (Reino Unido), del 14 de junio al 14 de septiembre 2023

El objetivo de mi comisión de servicio en el NIAB era continuar con la secuenciación y el ensamblaje del genoma apomíctico de Eragrostis curvula. El genoma del genotipo Don Walter fue secuenciado en el instituto NIAB utilizando la plataforma Oxford nanopore con el protocolo de modelo de planta de super-alta precisión. Estas lecturas se ensamblaron utilizando el software Flye y se andamillaron con la tecnología Omni-C para obtener un ensamblaje a escala cromosómica. Este genoma se ensambló y anotó obteniendo los subgenomas A y B del alotetraploide Don Walter. Además, durante este tiempo en Cambridge, se analizaron los datos de RNA-seq obtenidos de tejidos de pistilo de plantas apomícticas y sexuales en tres estados de desarrollo diferentes obteniendo genes diferencialmente expresados. Esta comisión de servicio continúa con los esfuerzos de colaboración entre el NIAB y CERZOS-CONICET para desvelar las bases moleculares de la apomixis a través de un enfoque bioinfirmatico.

Dr. Tamunonengiye-ofori Lawson

Cambridge, UK, NIAB

CERZOS (Argentina), del 20 de mayo al 19 de julio 2023

El objetivo de esta estancia en el CERZOS era profundizar mi conocimiento, habilidades y experiencia práctica en el área de la hibridación in situ y la microscopía DIC en plantas.

Dra. Luciana Delgado

Rosario, Argentina, IICAR

IRD (Francia), del 20 de mayo 2023 al 19 de agosto 2023

​Esta comisión de servicio continua el trabajo iniciado en 2022 con Daphné Autran para producir un atlas 3D del desarrollo temprano del óvulo en Paspalum rufum. Realizaremos la segmentación y clasificación de células dentro de los óvulos utilizando imágenes de alta resolución obtenidas previamente y un procedimiento previamente establecido y parcialmente automatizado mediante un workflow utilizando el software MorphoGraphX. Además, probaremos diferentes protocolos para incorporar y detectar un análogo de la timidina (EdU) y cuantificar las divisiónes celulares durante el desarrollo de óvulos de diferentes gramíneas, incluyendo dos especies sexuales modelo (arroz y maíz) y plantas apomícticas de Paspalum. Estos protocolos no fueron aun optimizados para ovulo de gramíneas con disparidades morfológicas en flores y óvulos. La información cuantitativa así recogida del atlas 3D y de las divisiónes celulares en óvulos de plantas sexuales y apomícticas mejorarà nuestra comprensión de la transición entre sexualidad y apomixis.

Imagen : Célula interfásica en un óvulo joven de Paspalum rufum con señal fluorescente del EdU  incorprado al ADN.

Samela Draga, estudiante de doctorado

Universidad de Padova, Italia

IICAR (Rosario, Argentina), del 16 de mayo 2023 al 8 de agosto 2023

El objetivo general del trabajo de Samela en IICAR es contribuir a la elucidación del papel de la proteína de splicing BUD13 en la transición sexualidad-apomixis. En particular, caracterizará BUD13 en las bases de datos transcriptómicas y genómicas de Paspalum notatum y generará sondas para su detección mediante hibridación in situ de ARN. Además, clasificará los óvulos de plantas sexuales y apomícticas de Paspalum notatum según las etapas de desarrollo mediante citoembriología DIC, los deshidratará en una serie de etanol/xilol y los incluirá en parafina. En una segunda visita (octubre-diciembre), preparará secciones de óvulos para hibridarlos con sondas de ARN sentido y antisentido marcadas con digoxigenina y detectará la señal DIG mediante reacción colorimétrica (anticuerpo DIG conjugado con fosfasa alcalina, sustratos NBT/BCIP).  Esperamos obtener información sobre la expresión espacial de estos genes candidatos en genotipos apomícticos y sexuales.

Samela Draga (derecha) & Silvina Pessino (izquierda)

Nicola Babolin, estudiante de doctorado

Universidad de Milan, Italia

Universidad de Adelaide (Asutralia), del 10 de avril 2023 al 13 de octubre 2023

El objetivo de esta comisión de servicio en la Universidad de Adelaida (Australia) en el laboratorio A/Prof. Matthew Tucker es de caracterizar mejor la red molecular entre los dos genes MADS-box STK y ABS durante el proceso de fertilización y el desarrollo de semillas en Arabidopsis thaliana.

Al mismo tiempo participaré en los proyectos dirigidos por el prof. Tucker en relación con el óvulo y el desarrollo de semillas en cebada, que están muy interconectados con mi proyecto sobre Arabidopsis.

de izquierda a derecha : Nicola Babolin, Matthew Tucker, Rosanna Petrella

 

Dra. Rosanna Petrella

Universidad de Milan, Italia

Universidad de Adelaide (Asutralia), del 10 de avril 2023 al 13 de octubre 2023

Durante mi comisión de servicio en la Universidad de Adelaida (laboratorio de Matthew Tucker) mi trabajo se centrará en desentrañar los mecanismos moleculares que determinan una correcta progresión de la línea germinal femenina en Arabidopsis thaliana. En particular, intentaré caracterizar los principales actores implicados en la degeneración de las esporas y en la selección y diferenciación funcional de las megasporas al final de la megasporogénesis en el óvulo. Determinaré la contribución de la interacción fitohormonal intentando rescatar mutantes defectuosos en estos procesos clave utilizando regiones reguladoras específicas activas en diferentes dominios del óvulo para dirigir específicamente la expresión de genes candidatos.

de izquierda a derecha : Nicola Babolin, Skippy el canguro, Rosanna Petrella

Mattia Spano, estudiante de doctorado

Universidad de Milan, Italia

LANGEBIO (Mexico), del 1ro de abril 2023 al 30 de julio 2023

El objetivo de esta comisión de servicio es investigar el mecanismo molecular que determina la línea germinal femenina. En particular, investigaré las contribuciones de las fitohormonas, auxina y citoquininas, en la diferenciación de la MMC. Las especies analizadas son Arabidopsis thaliana y Oryza sativa var. Kitaake. En este marco, realizaré ensayos de inmunolocalización en diferentes fondos para localizar las fitohormonas durante el desarrollo del óvulo utilizando mutantes spl/nzz y de tipo salvaje para Arabidopsis y de tipo salvaje para Oryza sativa.

Dr. Juan Pablo A. Ortiz

Rosario, Argentina, IICAR

IRD (Francia), del 7 de marzo 2023 al 3 de abril 2023

El pasado 7 de marzo de 2023 se inició una nueva estancia del Dr. Juan Pablo A. Ortiz del IICAR en el IRD, en el marco de una comisión de servicio del MAD para caracterizar los genomas apomícticos (WP3). El plan de trabajo incluye la extracción de ADN de varias muestras de Paspalum spp para su secuenciación con Illumina y el análisis estructural del genoma. La visita también está dedicada a la preparación de un nuevo manuscrito que describe la secuenciación, el ensamblaje con resolución a nivel cromosómico y la anotación del genoma diploide de Paspalum notatum. Este resultado, fruto de un esfuerzo de colaboración entre diferentes socios argentinos, italianos y franceses del proyecto MAD, es un paso clave para el progreso del WP3 ya que servirá de referencia para caracterizar los genomas tetraploides y determinar la estructura y evolución de la región implicada en la apomixis. Por último, durante esta visita se discutirá y decidirá el programa del taller internacional sobre secuenciación por ONT y análisis bioinformático organizado por el proyecto MAD en Rosario, Argentina, para el próximo mes de noviembre.

Invernaderos del IRD. Juan Pablo A Ortiz (derecha) & Olivier Leblanc (izquierda)

Dra. Alejandra Díaz

Bahia Blanca, Argentina, CERZOS

Universidad de Milan (Italia), del 21 de enero 2023 al 23 de marzo 2023

El objetivo de esta comisión de servicio fue analizar la expresión tejido-específica de dos genes candidatos implicados en el modo reproductivo apomíctico en la gramínea Eragrostis curvula (WP4). Para ello, utilizamos la técnica de hibridación in situ de ARN (RNA-ISH) para determinar los patrones de expresión de estos dos genes en células de órganos reproductores de E. curvula, tanto en el genotipo apomíctico completo como en el sexual. Además, también caracterizamos un gen que demuestra una expresión diferencial entre plantas sexuales y apomícticas de E. curvula y que también se expresa en la planta modelo A. thaliana. Para este último objetivo, también utilizamos ISH para comprobar la abundancia de ARN y la localización de este gen ortólogo en los tejidos reproductivos de E. curvula (genotipos apomíctico y sexual) y A. thaliana (genotipos diploide y tetraploide).

de izquierda a derecha: Marta Mendes, Lucia Colombo, Alejandra Díaz y Cielo Pasten

2022

Gregorio Orozco, estudiante de doctorado

Universidad de Milan, Italia

LANGEBIO (Mexico), del 7 de diciembre 2022 al 3 de febrero 2023

Dra. Lucia Colombo

Universidad de Milan, Italia

IICAR (Rosario, Argentina), del 14 de noviembre 2022 al 27 de noviembre 2022

Jimena Gallardo

Bahia Blanca, Argentina, CERZOS

University of Perugia (Italia), del 2 de noviembre 2022 al 2 de diciembre 2022

Dr. Olivier Leblanc

Montpellier, France, IRD

IICAR (Argentina), del 17 de octubre 2022 al 16 de diciembre 2022

Esta comisión de servicio tiene como objetivo (1) la caracterización de la región cromosómica asociada a la apomixis en forrajeras tropicales. Dado que ya hemos completado el ensamblaje y la anotación del genoma de un individuo diploide sexual de Paspalum notatum, se explorarán diferentes estrategias para revelar las variaciones estructurales que pueden explicar al desarrollo apomíctico en las especies del género. Para eso, hemos producido > 100 Gb de lecturas largas (tecnología Nanopore) de varias plantas apomícticas que se utilizarán para intentar ensamblar de novo estos genomas y realizar análisis comparativos, y; (2) profundizar el análisis funcional de mutantes tgs1 de Arabidopsis y, en particular realizar un análisis transcripcional comparativo entre embriones tgs1 y WT de Arabidopsis, colectados en etapas tempranas del desarrollo. Estas actividades forman parte del WP3 y del WP4, respectivamente.

Imagen: clones metálicos en la pampa rosarina, Provincia de Santa Fe, Argentina (@ O Leblanc)

Dra. Maria Cielo Pasten

Bahia Blanca, Argentina, CERZOS

Universidad de Milan (Italia), del 30 de septiembre 2022 al 1ro de marzo 2023

El objetivo de esta comisión de servicio era analizar los genes que muestran una expresión diferencial entre óvulos de plantas sexuales y apomícticas de Eragrostis curvula y que también están presentes en la planta modelo Arabidopsis thaliana. Para ello, estudiamos el fenotipo de mutantes de A. thaliana disponibles públicamente para algunos de estos genes, pero también el de nuevas líneas mutantes transgénicas generadas mediante la estrategia CRISPR-Cas9. Además, se caracterizó el desarrollo de los óvulos en genotipos apomícticos y sexuales de E. curvula mediante microscopía confocal, con el fin de conocer mejor las estructuras y las diferencias entre los modos de reproducción sexual y asexual.

de izquierda a derecha: Marta Mendes, Lucia Colombo, Alejandra Díaz y Cielo Pasten

Pr. Pablo Roncallo

Bahia Blanca, Argentina, CERZOS

Universidad de Perugia (Italia), del 6 de septiembre 2022 al 8 de noviembre 2022

El objetivo de esta comisión de servicio es ampliar un mapa de ligamiento genético tetraploide de Eragrostis curvula utilizando marcadores DarT seq y genotipos F1 adicionales con el fin de cartografiar con mayor precisión la región implicada en la apomixis. La población F1 se obtuvo cruzando un genotipo sexual (OTA) y uno apomíctico (Don Walter) como padres materno y paterno, respectivamente. Este nuevo mapa de ligamiento facilitará la localización de los loci que controlan la apomixis (diplosporia) y el estudio de la evolución del genoma de esta gramínea (WP3). En colaboración con el grupo de la UNIPG, estoy analizando los marcadores moleculares (DarT seq) obtenidos en los nuevos individuos F1 y en otros previamente obtenidos en Bahía Blanca por nuestro grupo para construir un nuevo mapa de ligamiento integrado, así como dos mapas de ligamiento específicos de los padres. Para ello, es necesario el análisis de segregación y la detección de marcadores SNP polimórficos en uno o ambos progenitores para resolver estos tres mapas de ligamiento. Además, se explorará la reconstrucción del haplotipo utilizando esta población F1 y el perfil SNP de los padres.

Davide Perrone

Universidad de Milan, Italia

IICAR (Rosario, Argentina), del 2 de septiembre 2022 al 28 de noviembre 2022

Davide Perrone (Universidad de Milán, Italia) está visitando el laboratorio de la Prof. Silvina Pessino en el IICAR CONICET, Rosario, Argentina, del 3 de septiembre al 27 de noviembre de 2022. Su trabajo, realizado en colaboración con la Dra. Carolina Colono (IICAR-CONICET-UNR), tiene como objetivo utilizar la transformación biolística para producir líneas fluorescentes de Paspalum notatum DR5 (marcador de auxina) y TCS (marcador de citoquinina) con diferentes modos reproductivos (sexualidad y apomixis aposporosa). Estos materiales vegetales serán útiles para estudiar los patrones hormonales en diferentes etapas de desarrollo del ovulo en un modelo apomíctico bien caracterizado. Además, Davide está contribuyendo a estudiar el papel del FACTOR DE RESPUESTA A LA AUXINA 10 (ARF10) en el transporte de la auxina dentro del óvulo de Arabidopsis, realizando caracterizaciones citoembriológicas de cruzas arf10 x PIN1 y arf10 x DII-Venus obtenidos previamente en el IICAR-CONICET-UNR. Finalmente, está involucrado en el análisis de la conexión funcional entre el FACTOR DE RESPUESTA A LA AUXINA 10 (ARF10) y la TRIMETHYL GUANOSINE SYNTHASE (TGS1) (un controlador de la aposporía reportado) en Paspalum.

de izquierda a derecha: Carolina Colono, Silvina Pessino, Davide Perrone

Sol Vega, estudiante de doctorado

Rosario, Argentina, IICAR

IRD (Francia), del 15 de junio 2022 al 16 de agosto 2022

Maria Sol est doctorante à l’IICAR-CONICET, Argentine, et elle visite le laboratoire du Dr. Olivier Leblanc à l’IRD (Montpellier, France). L’objectif principal de son séjour est d’initier l’analyse fonctionnelle de mutants d’Arabidopsis défectueux pour le gène IAA16, dont l’orthologue chez Paspalum notatum (PsIAA30) présente une réduction importznte de son expression pendant le développement apomictique (Siena et al., Plants 2022, 11, 472). Les mutants iaa16 hétérozygotes et homozygotes seront analysés par des observations cytoembryologiques afin de rechercher d’éventuels phénotypes reproducteurs femelles rappelant l’apomixie aposporique. Ce travail contribuera à déterminer les effets de la déplétion de IAA16 sur le développement reproductif d’Arabidopsis et à planifier une caractérisation fonctionnelle plus poussée de ce gène ou d’autres gènes appartenant à la même voie. Pendant sa visite, Maria Sol travaillera en collaboration avec le Dr Olivier Leblanc et Caroline Michaud de l’IRD, ainsi qu’avec Lorena Siena, sa directrice de thèse à l’IICAR.

Lorena Sierna (izquierda) & Sol Vega (derecha)

Dr. Juan Pablo A. Ortiz

Rosario, Argentina, IICAR

IRD (Francia), del 7 de junio 2022 al 7 de julio 2022

Una nueva comisión de servicio del MAD dirigida a trabajar en la caracterización de genomas apomícticos (WP3) comenzó el 7 de junio de 2022. En esta ocasión, el Dr. Juan Pablo A. Ortiz del IICAR (CONICET-UNR, Argentina) está visitando el laboratorio del Dr. Olivier Leblanc en el IRD (Francia). El plan de trabajo incluye la anotación de un ensamblaje del genoma de un ecotipo diploide de bahía de Pensacola (Paspalum notatum, var. saurae Parodi), obtenido previamente en una colaboración entre laboratorios de Francia, Italia y Argentina. También pretendemos identificar y caracterizar secuencias relacionadas con el locus controlador de la apomixis (ACL) en una raza tetraploide. En particular, utilizaremos la tecnología ONT de «secuenciación adaptativa» que permite la secuenciación de regiones de interés. Por lo tanto, esperamos enriquecer nuestra secuenciación con lecturas específicas de la planta apomíctica tetraploide y luego ensamblar el ACL. Olivier Leblanc, Cédric Mariac y Julie Orjuela (Unidad de investigación del DIADE), así como Juan Manuel Vega (MAD adscrito al IICAR) contribuirán a este trabajo.

Juan Pablo Ortiz (izquierda) & Olivier Leblanc (derecha)

Dra. Lorena Siena

Rosario, Argentina, IICAR

IRD (Francia), del 6 de junio 2022 al 1ro de septiembre 2022

Durante esta comisión de servicio de 3 meses, Lorena Siena (IICAR, CONICET- Argentina) está visitando el IRD con el objetivo de avanzar en la caracterización funcional del gen TGS1 durante el desarrollo reproductivo de la planta modelo Arabidopsis thaliana. Las actividades se llevarán a cabo en colaboración con el Dr. Olivier Leblanc y su grupo del IRD, e incluyen: ensayos de complementación utilizando la construcción pTGS1:TGS1-GUS; determinación del origen de los sacos embrionarios extra observados en los mutantes tgs1 utilizando líneas reporteras portadoras de los genes pWOX2 y CENH3 que informan tanto de la identidad gametofítica femenina como del número cromosómico (origen reducido vs. no reducido) , y; análisis de los datos de RNAseq obtenidos de embriones de tipo salvaje y tgs1 en etapas tempranas del desarrollo embrionario. Este estudio pretende determinar las alteraciones en los patrones de expresión génica causadas por la depleción de TGS1; identificar sus potenciales genes diana, y; explorar si el splicing alternativo controla la embriogénesis temprana en las plantas.

Olivier Leblanc (izquierda) &  Lorena Siena (derecha):

Dra. Luciana Delgado

Rosario, Argentina, IICAR

IRD (Francia), del 20 de mayo 2022 al 19 de agosto 2022

En esta comisión de servicio, la Dra. Luciana Delgado (IICAR) y la Dra. Daphné Autran trabajan juntas para estudiar la comunicación entre la división, la expansión y la diferenciación celular a lo largo del desarrollo reproductivo femenino en P. rufum, una especie apomíctica. El objetivo general es construir un atlas 3D del desarrollo temprano del óvulo. Durante la estancia estableceremos las condiciones óptimas para la clarificación de los óvulos de P. rufum y las técnicas de tinción de la pared celular para obtener imágenes 3D de alta resolución. Las imágenes se segmentarán con MorphoGraphX, se clasificarán por etapas de desarrollo y, finalmente, se realizará un análisis cuantitativo de descriptores celulares. Creemos que la comprensión de la coordinación entre los procesos de desarrollo reproductivo con el crecimiento y la división celular, en un contexto apomíctico, podría ser esclarecedora para entender la regulación de la apomixis.

Daphné Autran (izquierda) & Luciana Delgado (derecha)

Dr. Juan Pablo Selva

Bahia Blanca, Argentina, CERZOS

University of Milan (Italia), del 16 de mayo 2022 al 16 de julio 2022

El objetivo de esta comisión de servicio fue continuar con la caracterización funcional de un gen expresado diferencialmente en plantas sexuales y apomícticas de Eragrostis curvula utilizando mutantes de maíz portadores de una inserción Mutator en el gen ortólogo.

Durante estos dos meses, colaboré con el grupo de la profesora Gabriella Consonni para evaluar diferentes poblaciones F2 de maíz que se plantaron en un campo experimental. Las plantas fueron genotipadas utilizando cebadores específicos para la inserción del transposón localizada en el primer exón del gen ortólogo y cebadores específicos para el alelo de tipo salvaje. Las actividades también incluyeron la observación de pistilos clarificados bajo el microscopio en busca de anormalidades durante el desarrollo reproductivo femenino.

Dr. Juan Pablo A. Ortiz

Rosario, Argentina, IICAR

IBBR (Italia), del 5 de mayo 2022 al 6 de junio 2022

El 9 de mayo comienza una nueva comisión de servicio del MAD de un mes de duración en la que participan investigadores de Argentina e Italia. En efecto, el Dr. Juan Pablo A. Ortiz del IICAR, (CONICET-UNR) está visitando el laboratorio del Dr. Fulvio Pupilli en el Instituto de Biociencias y Biorecursos (IBBR-CNR) de Perugia. El plan de trabajo se centra en el análisis funcional de ORC3, un gen que se segrega completamente ligado a la apomixis, en la formación del endospermo de semillas apomícticas de Paspalum simplex. Además, también se pretende avanzar en el ensamblaje y la caracterización del genoma de P. simplex utilizando lecturas de secuencias largas generadas con la tecnología Oxford Nanopore. Los miembros del grupo del Dr. Pupilli que participan en este proyecto son: Dra. María Eugenia Cáceres, Dr. Andrea Rubini, Dra. Francesca De Marchis y Dr. Michele Bellucci. Al final de la comisión de servicio, se espera haber completado la redacción de un manuscrito sobre el análisis funcional de PsORC3 y producido un borrador del ensamblaje del genoma de P. simplex.

Fulvio Pupilli (izquierda) & Juan Pablo A. Ortiz (derecha)

Dra. Carolina Colono & Prof. Silvina Pessino

Rosario, Argentina, IICAR

University of Milan (Italia), del 29 de abril 2022 al 2de julio 2022

Del 29 de abril al 2 de julio de 2022 la Dra. Carolina Colono y la Prof. Silvina Pessino visitarán el laboratorio de la Prof. Lucia Colombo en la Universidad de Milán, para explorar el papel del control hormonal en la transición de la sexualidad a la apomixis utilizando la planta modelo Arabidopsis thaliana.

De izquierda a derecha: Carolina Colono, Silvina Pessino y Lucia Colombo

Juan Manuel Vega, estudiante de doctorado

Rosario, Argentina, IICAR

IRD (Francia), del 19 de abril 2022 al 18 de junio 2022

Esta comisión de servicio forma parte del esfuerzo emprendido por el proyecto MAD (ver objetivos del WP3) para determinar la naturaleza, la evolución y el papel funcional de la región de control de la aposporía (ACR) en Paspalum notatum. Aprovechando un genoma diploide de referencia y conjuntos de datos de lecturas largas disponibles para apomícticos tetraploides, primero utilizaré el método “adaptative sampling” que ofrece la plataforma ONT para enriquecer la secuenciación de lecturas largas de ACR y luego realizaré un ensamblaje de alta cobertura tanto para un apomíctico obligado como para un apomíctico facultativo. También se aplicarán estudios complementarios mediante el uso de métodos open source destinados a identificar y filtrar las variaciones estructurales.  En conjunto, esto debería permitir estudios de genómica estructural y comparativa para determinar el contenido genico y la capacidad de codificación/regulación dentro del ACR y proporcionar pistas sobre su papel funcional en la aparición de la apomixis en Paspalum.

Dr. Diego Zappacosta

Bahia Blanca, Argentina, CERZOS

University of Perugia (Italia), del 1 de marzo 2022 al 7 de mayo 2022

El objetivo de esta comisión de servicio es continuar con el ensamblaje de los genomas tetraploides de Eragrostis curvula para determinar el locus que controla la apomixis y estudiar la evolución del genoma en esta gramínea (WP 3). Durante estos dos meses, analizaré, en colaboración con el grupo de la UNIPG, las relaciones genéticas entre el diploide sexual (Victoria), previamente secuenciado y publicado por las 2 instituciones, y el tetraploide apomíctico cv. Tanganyika. Primero ensamblaremos un pan-genoma y lo resolveremos en el genoma central y el genoma prescindible. Se ensamblarán las lecturas mapeadas en la referencia Victoria, mientras que las lecturas no mapeadas se ensamblarán de novo para analizar las variaciones de presencia/ausencia. A continuación, analizaremos los genes ortólogos para encontrar contracciones y expansiones de familias de genes y compararemos las regiones que controlan la apomixis en Eragrostis y Paspalum spp. Además, aplicaré el protocolo MCSeEd desarrollado por UNIPG para comparar las regiones metiladas diferencialmente entre los genotipos apomícticos y sexuales (Task 3.3).