Personnel détaché

La période de détachement est la période passée par un membre du projet dans un institut hébergeant, aux fins du projet. La personne détachée est le membre hébergé.

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En raison des restrictions de voyage adoptées pendant la pandémie mondiale de COVID-19, tous les détachements du projet MAD ont été reportés. En fonction de l’évolution des consignes et du contexte, nous espérons pouvoir commencer les missions à l’international d’ici la fin 2021.

2022

Dr. Diego Zappacosta

Bahia Blanca, Argentine, CERZOS

Université de Pérugia (Italie), du 1er mars 2022 au 7 mai 2022

L’objectif de ce détachement est de poursuivre l’assemblage des génomes tétraploïdes d’Eragrostis curvula pour déterminer le locus contrôlant l’apomixie et étudier l’évolution des génomes chez cette graminée (WP 3). Pendant ces deux mois, je vais analyser, en collaboration avec le groupe de l’UNIPG, les relations génétiques entre le diploïde sexué (cv Victoria), précédemment séquencé et publié par les 2 institutions, et le tétraploïde apomictique cv. Tanganyika. Nous assemblerons d’abord un pan-génome et le décomposerons en « core genome » et « dispensable genome » . Les séquences qui correspondent à la référence Victoria seront assemblées tandis que les autres seront assemblées de novo pour analyser les variations de type présence/absence. Nous analyserons ensuite les gènes orthologues pour trouver les contractions et les expansions des familles de gènes et comparerons les régions contrôlant l’apomixie chez Eragrostis et Paspalum spp. Finalement, j’appliquerai le protocole MCSeEd développé par l’UNIPG pour comparer les régions différentiellement méthylées entre les génotypes apomictiques et sexuels (Task 3.3).

Juan Manuel Vega

Rosario, Argentine, IICAR

IRD, Montpellier (France), du 19 mars 2022 au 18 juin 2022

Ce détachement s’intègre aux activités du projet MAD visant à déterminer la nature, l’évolution et le rôle fonctionnel de la région contrôlant l’aposporie (ACR) chez Paspalum notatum (voir objectifs WP3). En utilisant un génome de référence diploïde et un jeu de séquences « long reads» pour des plantes apomictiques, j’utiliserai la méthode “adaptive sampling” proposée par la plateforme ONT pour enrichir le séquençage en lectures longues de l’ACR et ensuite réaliser un assemblage à haute couverture pour une plante apomictique obligatoire et une autre apomictique facultative. Des analyses complémentaires utilisant des méthodes open source pour identifier et qualifier les variations structurelles seront également appliquées.  Ces travaux devraient permettre des approches de génomique structurelle et comparative pour déterminer le contenu génique et la capacité de codage/régulation de l’ACR et, de fournir des indices sur son rôle fonctionnel dans l’émergence de l’apomixie chez Paspalum.

Dr. Carolina Colono & Prof. Silvina Pessino

Rosario, Argentine, IICAR

Université de Milan (Italie), du 29 avril 2022 au 2 juillet 2022

Du 29 avril au 2 juillet 2022, la Dr. Carolina Colono et la Prof. Silvina Pessino visiteront le laboratoire du Prof. Lucia Colombo à l’Université de Milan, pour explorer le rôle du contrôle hormonal dans la transition de la sexualité à l’apomixie en utilisant la plante modèle Arabidopsis thaliana.

De gauche à droite: Carolina Colono, Silvina Pessino et Lucia Colombo

Dr. Juan Pablo A. Ortiz

Rosario, Argentine, IICAR

IBBR (Italie), du 5 mai 2022 au 6 juin 2022

Un nouveau détachement MAD impliquant des chercheurs d’Argentine et d’Italie commence le 9 mai pour un mois ! En effet, le Dr Juan Pablo A. Ortiz de l’IICAR, (CONICET-UNR) est accueuilli au laboratoire du Dr Fulvio Pupilli à l‘Institut des Biosciences et des Bioressources (IBBR-CNR) de Pérugia. Le plan de travail est centré sur l’analyse fonctionnelle de ORC3, un gène qui ségrège comme complètement lié à l’apomixie, au cours de la formation de l’albumen de Paspalum simplex apomicts. En outre, il est également prévu de réaliser l’assemblage du génome de P. simplex en utilisant les long reads générés par la technologie de séquençage Oxford Nanopore. Les membres du groupe du Dr. Pupilli impliqués dans ces projets sont : María Eugenia Cáceres, Andrea Rubini, Francesca De Marchis et Michele Bellucci. A la fin du détachement, nous espérons avoir terminé la rédaction d’un manuscrit sur l’analyse fonctionnelle de PsORC3 et produit un projet d’assemblage du génome de P. simplex.

Fulvio Pupilli (gauche) & Juan Pablo A. Ortiz (droite)